Warianty utraty funkcji w śródbłonkowej lipazie są przyczyną podwyższonego cholesterolu HDL u ludzi ad

Unikalne niesynonimowe warianty zidentyfikowane poprzez sekwencjonowanie eksonu LIPG znaleziono wyłącznie w grupie o wysokim HDL-C. Łącznie zidentyfikowano 10 rzadkich niesynonimicznych wariantów (7 unikatowych) u uczestników z wysokim poziomem HDL-C w porównaniu z brakiem u uczestników z niskim poziomem HDL-C (Tabela 2). Stanowi to znaczny nadmiar niesynonimicznych wariantów w grupie o wysokim HDL-C w porównaniu z grupą z niskim poziomem HDL-C (P = 0,02, dokładny test Fishera). Indywidualne pomiary stężenia lipidów i lipoprotein na czczo u uczestników z rzadkimi wariantami LIPG są dostępne w Tabeli Uzupełniającej (materiał uzupełniający dostępny online w tym artykule; doi: 10.1172 / JCI37176DS1), wraz z podsumowaniem informacji od zsekwencjonowanych uczestników nie posiadających wariantu LIPG. Dodatkowe pomiary lipoprotein i pomiary profilu lipoproteinowego NMR, jeśli są dostępne dla podgrupy tych osobników, są dostępne w Tabeli dodatkowej 2. Tabela Charakterystyka wyjściowa Tabela 2 Niesynonimowe warianty sekwencji w eksonach LIPG wykrytych wyłącznie u uczestników z wysokim HDL przez 95. percentyl Dla wariantów wpływając na pojedynczy aminokwas, przewidywania obliczeniowe wykonane przez PolyPhen (30) sugerują, że większość z tych wariantów jest prawdopodobnie lub prawdopodobnie uszkadza normalną funkcję EL (Tabela 2). PolyPhen nie był w stanie wykonać przewidywań dla wariantów Fs114DelA lub X501Arg, które powodują wiele zmian aminokwasów. Wariant Fs114DelA to pojedyncza delecja nukleotydowa, która powoduje przesunięcie ramki odczytu, które zmienia aminokwasy 115. 117 (Asp, Ala, Asn) na Thr, Pro, Met, a następnie obcina białko za pomocą przedwczesnego kodonu stop, co skutkuje białkiem o przewidywanej masie cząsteczkowej 13,4 kDa (rysunek 1A). Ta mutacja powoduje zakończenie białka na długo przed katalityczną triadą, dając przewidywalne niefunkcjonalne białko. Wariant X501Arg jest mutacją w kodonie stop LIPG, który pozwala na kontynuację translacji dla dodatkowych 49 aminokwasów przed osiągnięciem następnego kodonu stop w ramce, dając w wyniku białko o przewidywanej masie cząsteczkowej 62 kDa (przewidywana masa cząsteczkowa). WT EL wynosi 56,9 kDa). Niesynonimowe warianty oceniano również przez dopasowanie ludzkiej sekwencji aminokwasowej EL (AAD30434) do sekwencji z różnych innych gatunków, w tym myszy (NP_034850), szczura (AAX11354), szympansa (XP_512126) i małpy rezus (XP_001090086) przy użyciu ClustalW (31). . Cztery niesynonimowe warianty zawierały reszty konserwatywne we wszystkich gatunkach i powodowały niekonserwatywne zmiany (Ala116Thr, Gly176Arg, Ile239Thr i Met342Val). Pozostały wariant (Arg476Trp) znajdował się w nieskonserwowanej reszcie, ale spowodował niekonserwatywną zmianę w stosunku do aminokwasu występującego u dowolnego gatunku. Rysunek 1Funkcjonalna analiza unikalnych niesynonimowych wariantów zidentyfikowanych u uczestników z wysokim HDL-C. (A) Schemat struktury białka EL. Diamenty stanowią potencjalne miejsca N-glikozylacji. Wypełnione diamenty wskazują potwierdzone miejsca N-glikozylacji (32), a diamenty z czarnym okręgiem wskazują miejsca N-glikozylacji konserwowane przez lipazę lipoproteiny i lipazę wątrobową. Numeracja wskazuje reszty aminokwasowe i różni się od wcześniejszych publikacji z powodu włączenia peptydu sygnałowego aminokwasu 20 (SP) do numeracji. RNKR wskazuje miejsce cięcia proteolitycznego pełnej długości EL o długości 68 kDa do fragmentu N-końcowego o 40 kDa i fragmentu C-końcowego o 28 kDa. Pokrywa. domena i konserwatywna triada katalityczna są wskazane. Niesynonimowe warianty EL zidentyfikowane u uczestników z wysokim poziomem HDL-C wytworzono przez ukierunkowaną mutagenezę i przejściowo wyrażano stosując komórki 293 w obecności heparyny. (B) Wyrażone EL wizualizowano przez immunoblotting kondycjonowanej pożywki i (C) lizatu komórkowego. (D) Pożywki z komórek przejściowo eksprymujących WT EL lub wariant EL w obecności heparyny zbierano i badano pod kątem hydrolizy dipalmitoilofosfatydylocholiny i (E) izolowanego ludzkiego HDL3. Dane aktywności dla wariantów EL znormalizowano do procentu aktywności WT EL. Testy przeprowadzono trzykrotnie i oddzielne transfekcje powtarzano co najmniej 3 razy. Przedstawione wyniki pochodzą z reprezentatywnego eksperymentu. 1, Fs114DelA; 2, Ala116Thr; 3, Gly176Arg; 4, Ile239Thr; 5, Met342Val; 6, Arg476Trp; 7, X501Arg. Paski błędów wskazują. SD. * P. 0,001 w porównaniu z WT. W celu przetestowania aktywności wariantów EL zidentyfikowanych przez ponowne sekwencjonowanie, plazmid ekspresyjny EL (32) zmodyfikowano poprzez ukierunkowaną mutagenezę, aby zawierała każdy z niesynonimowych wariantów EL. Każdy z wariantów wyrażono w komórkach 293 (Figura 1, B i C), z wyjątkiem wariantu X501Arg, który miał jedynie słabe pasmo N-końcowe 40 kDa i nie wykrywalne pasmo pełnej długości
[więcej w: wrzodziejące zapalenie jelita grubego objawy, okulistyka ceglana katowice, ursus 11054 ]
[przypisy: przetrząsaczo zgrabiarka, przetrząsarko zgrabiarka, rozdrabniacz uniwersalny ]