Warianty utraty funkcji w śródbłonkowej lipazie są przyczyną podwyższonego cholesterolu HDL u ludzi ad 5

Ogólnie rzecz biorąc, badania te były słabe i brakowało dowodów funkcjonalnych na poparcie ich wniosków: (a) Ma i in. donoszą, że Thr111 było związane ze wzrostem HDL-C wśród 372 uczestników (17); (b) Yamakawa-Kobayashi i in. nie wykryto związku Thr111Ile z poziomami HDL-C u 340 japońskich dzieci (22); (c) Paradis i współpracownicy stwierdzili związek Thr111Ile ze zwiększonymi poziomami podfrakcji HDL3 u 281 kobiet (18); (d) Halverstadt i in. stwierdzili związek Thr111Ile z pomiarami NMR wielkości HDL u 83 zdrowych starszych uczestników, ale nie z ogólnymi poziomami HDL-C (19); (e) Mank-Seymour i in. wykazali słabe powiązanie Thr111Ile ze zwiększoną HDL-C wśród 594 uczestników (3); (f) Hutter i in. odkryli słabe powiązanie Thr111Ile z poziomami HDL-C u 541 Japońskich Amerykanów (20); (g) Shimizu i in. nie udało się znaleźć związku Thr111le z HDL-C w 107 japońskich przypadkach ostrego zawału mięśnia sercowego i kontroli (23); i (h) Tang i in. odkryli słabe powiązanie Thr111le ze zwiększonym HDL-C w 265 przypadkach i kontrolach choroby wieńcowej (CAD) [21]. Nasze dane z połączonej próbki 3845 uczestników i badania funkcjonalne wariantu definitywnie ustalają, że Thr111le nie jest związane z HDL-C, a badania in vitro pokazują, że ma on normalną aktywność lipolityczną. Ponadto, wariant Thr111Ile nie jest skorelowany z dolnymi SNP LIPG zidentyfikowanymi w GWAS, r2 <0,1, według danych HapMap (37) i naszego własnego genotypowania (Suplementowa Figura 1), dodatkowo potwierdzając, że nie jest to wariant etiologiczny pod HDL. -C wykryto sygnał w pobliżu LIPG w ostatnich GWAS. Tutaj przedstawiamy rozszerzony wysiłek resekwencjonowania LIPG, resekwencjonując egzony LIPG na 1170 chromosomach u uczestników z obu ekstremów rozkładu stężenia HDL. Nasze wysiłki resekwencjonowania nie wykazały żadnych niesynonimowych wariantów silnie skorelowanych z dolnymi SNP LIPG zidentyfikowanymi w GWAS HDL, i jest mało prawdopodobne, że dalsze ponowne sekwencjonowanie locus LIPG ujawni jakiekolwiek warianty kodujące, które mogą wyjaśnić ten sygnał. Sugeruje to, że pik HDL-C w pobliżu LIPG w GWAS nie jest spowodowany wariantem kodującym, ale raczej z powodu pewnego rodzaju wariantu regulatorowego. Co ciekawe, badania na pawiorkach sugerują, że warianty promotora LIPG są związane ze zmiennością poziomów HDL-C (15). Prowadzone w naszym laboratorium badania dotyczą roli wariantów promotorowych w ludzkim genie LIPG i ich związku z poziomami HDL-C w osoczu. Nasze wyniki potwierdzają głębokie medyczne resekwencjonowanie w ekstremalnych fenotypach ilościowych w celu zidentyfikowania rzadkich mutacji, które wywierają znaczący efekt fenotypowy. Warto zauważyć, że niesynonimowe warianty LIPG są znacznie częstsze u uczestników z podwyższonym poziomem HDL-C i że te warianty są prawdziwymi wariantami utraty funkcji, co jest odzwierciedleniem akumulacji rzadkich wariantów w ABCA1, LCAT i APOA1 u uczestników z niskim poziomem HDL-C (7). Ponadto ustalamy, że podczas gdy wspólny wariant Thr111le nie jest definitywnie związany z różnicą w stężeniu HDL-C i ma normalną aktywność lipolityczną, znacznie rzadziej Asn396Ser jest znacząco związany z podwyższonym stężeniem HDL-C, z wartością P na metaanalizie uważany za znaczący szeroki genom (P = 1,7 × 10. 8) i że znacznie zmniejszył aktywność lipolityczną in vitro i in vivo. Następnie powtórzyliśmy te wyniki w rodzinach z podwyższonym poziomem HDL-C, podejściem, które jest odporne na stratyfikację populacji, problem, który teoretycznie może wpływać na badania asocjacji populacji. Nasze wyniki podkreślają użyteczność testu funkcjonalnego do eksperymentalnego testowania mutacji znalezionych po ponownym sekwencjonowaniu. Programy obliczeniowe, takie jak PolyPhen (30) lub SNPs3D (38), przede wszystkim przewidują zmiany w stabilności struktury białka. Jednakże nie są w stanie przewidzieć określonych zaburzeń czynnościowych (takich jak wiązanie ligandu, rozerwanie miejsca katalitycznego, przerwanie modyfikacji potranslacyjnej lub wprowadzenie pewnych efektów allosterycznych) i mogą wprowadzić odchylenie, które może zaciemnić prawdziwą zależność między wariantami i fenotypem. zainteresowania, gdy są używane wyłącznie. Podczas gdy większość wariantów LIPG, które znaleźliśmy, była prawidłowo przewidziana przez PolyPhen, aby mieć szkodliwy wpływ na funkcję EL, prawdopodobnie poprzez zmniejszoną stabilność struktury białka, wariant Ala116Thr został nieprawidłowo przewidziany jako łagodna zmiana. Może okazać się szczególnie wnikliwe dalsze scharakteryzowanie tego wariantu, ponieważ jego znaczące (P <0,001) zmniejszenie aktywności lipolitycznej może wynikać ze specyficznego upośledzenia funkcjonalnego nowego elementu funkcjonalnego w EL. Ważne będzie użycie wariantów utraty funkcji LIPG jako podejścia do oceny skutków ekspozycji na całe życie na podwyższony poziom HDL-C ze względu na zmniejszoną aktywność EL, podobnie jak utratę funkcji konwertazy proproteinowej subtylizyny / keksiny typu 9 ( PCSK9) warianty, które zmniejszają L [więcej w: przetrząsaczo zgrabiarka, czy pasujemy do siebie test, pizza hawajska składniki ] [podobne: pizza hawajska składniki, wrzodziejące zapalenie jelita grubego objawy, salon ursus ]